SMA Negeri 3 Bontang didirikan pada tanggal 7 juli 2004 berdasarkan Surat Keputusan Walikota Bontang No 309 thn 2004. SMA Negeri 3 Bontang merupakan sekolah di wilayah Kalimantan Timur yang membuka jurusan IPA, IPS dan Bahasa. Kepala Sekolah yang pertama kali menjabat adalah suparji,S.Pd MM tahun 2004 s.d 2005 selanjutnya oleh Miftachul Choir tahun 2005 s.d sekarang.

SMA Negeri 3 Bontang memiliki 470 siswa terdiri dari 13 rombongan belajar dengan rincian kelas X 4 kelas, XI IPA 2 kelas, XI IPS 2 kelas, XI Bahasa 1 kelas, XII IPA 2 kelas, XII IPS 2 kelas.Kegiatan belajar mengajar dilaksanakan pada pagi hari, masuk pukul 07.15 sampai dengan 13.45. Jumlah tenaga pendidik di SMA Negeri 3 Bontang sebanyak 40 orang, terdiri dari 38 orang berstatus pegawai negeri dan 2 orang berstatus pegawai honorer. Jumlah tenaga kependidikan sebanyak 8 orang, terdiri dari 2 orang berstatus pegawai negeri dan 6 orang berstatus pegawai honorer.

SMA Negeri 3 Bontang menempati sebidang tanah dengan luas 20.000m2, pada tahun 2009/2010 jumlah ruang belajar 11 ruang, 5 ruang laboratorium, 1 ruang mushola, 1 ruang kepala sekolah, 1 ruang guru, 1 ruang TU, 1 ruang kesekretariatan dan beberapa petak kantin sekolah. Sekolah ini terletak dijalan Arief Rahman Hakim Kelurahan Belimbing Kecamatan Bontang Barat Kota Bontang Provinsi Kalimantan Timur. Lokasi sekolah yang berada di pusat kota menyebabkan sekolah ini menjadi salah satu sekolah favorit yang diidolakan oleh siswa dan orang tua siswa. Di usianya yang ke 6 SMAN 3 Bontang semakin mapan dan tumbuh dengan pesat. Hal ini juga tidak terlepas dari dukungan masyarakat sekitar, alumni dan orang tua siswa. Mayoritas orang tua / wali siswa yakni sekitar 70% adalah sebagai wiraswasta sisanya yakni sekitar 15% sebagai PNS, 10 % sebagai karyawan dan 5 % lain-lain.