Pondok Pesantren Rafah adalah suatu pondok pesantren yang didirikan ditanah Bogor pada tahun 1998. Dpimpin oleh KH. Muhammad Nasir Zein, MA.
Pada saat ini jumlah santri yang bermuqim dipondok sebanyak +_500 santri, sedangkan alumni yang sudah diluluskan sebanyak 13 angkatan